Ngày 29/10, Cơ quan Cảnh sát điều tra (Bộ Công an) đã ra quyết định khởi tố bị can, bắt và khám xét nơi ở đối với bị can Phạm Văn Thông (cựu giám đốc Ban Quản lý dự án đường thủy nội địa) về tội Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ, theo điều 356 Bộ Luật hình sự năm 2015. Các quyết định tố tụng đã được VKSND Tối cao phê chuẩn.
Theo kết luận của Thanh tra Bộ Giao thông Vận tải, ông Thông đã nhận hơn 4,8 tỷ đồng của 15 nhà thầu từ cuối năm 2015 đến 2016. Số tiền này được ông Thông chi tổ chức hội nghị, hội thao, chi tiền ăn cho cán bộ, công chức và người lao động... tại Cục Đường thủy nội địa. Việc chi được các lãnh đạo Cục phê duyệt hoặc các cá nhân tự lấy tiền từ ông Thông.
Ông Thông khai việc đưa tiền thực hiện theo "chỉ đạo miệng" của một Phó cục trưởng Cục Đường thủy nội địa.
Theo Thanh tra Bộ giao thông việc "thu tiền của các nhà thầu, duyệt chi cho hội nghị, hội thao, ăn uống, tiếp khách... của Cục Đường thủy nội địa" bị đánh giá là "vi phạm pháp luật ở mức độ nghiêm trọng". Đây là lỗi chủ quan của các cá nhân tham mưu cùng lãnh đạo Cục, do sự thiếu hiểu biết pháp luật ở tất cả các cấp.
Trước kết luận trên của Thanh tra Bộ Giao thông vận tải, đầu tháng 9/2018, Phó thủ tướng Trương Hòa Bình đã yêu cầu chuyển kết quả xác minh về tiêu cực kèm các tài liệu liên quan đến Cơ quan Cảnh sát điều tra (Bộ Công an) và Viện Kiểm sát nhân dân tối cao.
Chiều tối ngày 29/10, một tổ công tác của Ban chuyên án đã di lý ông Thông từ trụ sở 47 Phạm Văn Đồng về nhà riêng ở khu đô thị XALA (Hà Đông), để thực hiện lệnh khám xét nơi ở. Tổ công tác thu giữ một số tài liệu phục vụ công tác điều tra.
