Cụ thể, thực hiện Kết luận số 1566/KL-TTCP ngày 17/9/2018 của Thanh tra Chính phủ về kết luận thanh tra việc cổ phần hóa Cảng Quy Nhơn, Bộ Giao thông vận tải có ý kiến hủy bỏ 2 văn bản hành chính đã ban hành gồm Văn bản số 16937/BGTVT-QLDN ngày 27/12/2014 về chuyển nhượng 26,01% cổ phần và Văn bản số 6327/BGTVT-QLDN ngày 20/5/2015 về chuyển nhượng 49% cổ phần tại Công ty Cổ phần Cảng Quy Nhơn cho Công ty Cổ phần Đầu tư và Khoáng sản Hợp Thành (gọi tắt là Công ty Hợp Thành, trụ sở TP. Hà Nội) theo phương thức thỏa thuận trực tiếp.
Bộ Giao thông vận tải yêu cầu hội đồng thành viên và tổng giám đốc Vinalines căn cứ kết luận trên, tổ chức thực hiện các nội dung liên quan đến trách nhiệm của mình sau khi Bộ Giao thông vận tải hủy bỏ 2 văn bản này.
Trước đó, ngày 17/9/2018, Thanh tra Chính phủ đã công bố kết luận thanh tra việc cổ phần hóa tại Cảng Quy Nhơn (Bình Định).
Cơ quan thanh tra đã chỉ rõ việc đề xuất, tham mưu, quyết định tỷ lệ vốn do Nhà nước nắm giữ khi cổ phần hóa Công ty TNHH MTV Cảng Quy Nhơn và thoái vốn Nhà nước tại Công ty Cổ phần Cảng Quy Nhơn đã có những khuyết điểm, vi phạm.
Cụ thể, Thanh tra Chính phủ cho biết, Bộ Giao thông vận tải đã đề nghị Thủ tướng cho phép Nhà nước nắm giữ 49% vốn điều lệ tại Cảng Quy Nhơn, song sau đó Bộ lại tiếp tục đề nghị Thủ tướng cho phép Vinalines chuyển nhượng hết 49% vốn điều lệ, điều này không đúng với đề án tái cơ cấu doanh nghiệp.
Ngoài ra, công ty mẹ của Cảng Quy Nhơn là Vinalines có kiến nghị Bộ Giao thông vận tải không bán hết cổ phần nhà nước. Song Bộ Giao thông vận tải vẫn có văn bản đề nghị Thủ tướng cho bán hết phần vốn Nhà nước tại Cảng Quy Nhơn là thiếu căn cứ về pháp lý và thực tiễn.
Theo đó, Thanh tra Chính phủ kiến nghị Bộ Giao thông vận tải thu hồi lại 2 quyết định về việc bán cổ phần nhà nước tại Cảng Quy Nhơn vì có nội dung trái thẩm quyền, vi phạm pháp luật.
Đặc biệt, Thanh tra kiến nghị giao Bộ Giao thông vận tải chủ trì, thu hồi 75,01% cổ phần tại Cảng Quy Nhơn đã được Bộ Giao thông vận tải cho phép chuyển nhượng cho Công ty Hợp Thành.
