Cụ thể, Nghị định số 125/2020/NĐ-CP quy định cụ thể mức phạt đối với hành vi vi phạm về thời hạn nộp hồ sơ khai thuế.
Phạt cảnh cáo đối với hành vi nộp hồ sơ khai thuế quá thời hạn từ 1 - 5 ngày và có tình tiết giảm nhẹ; phạt tiền từ 2-5 triệu đồng đối với hành vi nộp hồ sơ khai thuế quá thời hạn từ 1-30 ngày, trừ trường hợp quy định.
Đối với hành vi nộp hồ sơ khai thuế quá thời hạn quy định từ 31-60 ngày thì bị phạt tiền từ 5-8 triệu đồng.
Phạt tiền từ 8-15 triệu đồng đối với một trong các hành vi: Nộp hồ sơ khai thuế quá thời hạn quy định từ 61-90 ngày; nộp hồ sơ khai thuế quá thời hạn quy định từ 91 ngày trở lên nhưng không phát sinh số thuế phải nộp; không nộp hồ sơ khai thuế nhưng không phát sinh số thuế phải nộp; không nộp các phụ lục theo quy định về quản lý thuế đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết kèm theo hồ sơ quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp.
Phạt tiền từ 15 – 25 triệu đồng đối với hành vi nộp hồ sơ khai thuế quá thời hạn trên 90 ngày kể từ ngày hết hạn nộp hồ sơ khai thuế, có phát sinh số thuế phải nộp và người nộp thuế đã nộp đủ số tiền thuế, tiền chậm nộp vào ngân sách nhà nước trước thời điểm cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế hoặc trước thời điểm cơ quan thuế lập biên bản về hành vi chậm nộp hồ sơ khai thuế theo quy định tại khoản 11 Điều 143 Luật Quản lý thuế.
Trường hợp số tiền phạt nếu áp dụng lớn hơn số tiền thuế phát sinh trên hồ sơ khai thuế thì số tiền phạt tối đa đối với trường hợp này bằng số tiền thuế phát sinh phải nộp trên hồ sơ khai thuế nhưng không thấp hơn mức trung bình của khung phạt tiền.
