Bộ GTVT đã trình Thủ tướng phương án nâng cấp tuyến đường sắt Bắc - Nam hiện tại phục vụ chở khách địa phương và chở hàng hóa đồng thời đầu tư mới tuyến đường sắt tốc độ cao đường đôi, khổ 1.435mm, tốc độ chạy tàu 320km/h, tổng vốn xây dựng lên tới hơn 1.344.000 tỉ đồng (khoảng 58,7 tỉ USD). Thời gian dự kiến xây dựng khoảng 30 năm, từ 2020 - 2050.
Nhưng theo quan điểm của Bộ KH-ĐT, đó là sau khi kết thúc giai đoạn 1, hoàn thành đầu tư đoạn Hà Nội - Vinh, Nha Trang - TP.HCM vào năm 2032, năng lực khai thác 2 tuyến này đạt 364.000 hành khách/ngày. Trong khi dự báo số lượng hành khách trên 2 đoạn tuyến này vào năm 2035 chỉ đạt từ 55.000 - 58.000 hành khách/ngày (chỉ gần 16% công suất đầu tư).
Từ kinh nghiệm của Đức, Hà Lan, Bộ KH-ĐT cho rằng phương án đầu tư đường sắt tốc độ cao Bắc - Nam có tốc độ tối đa 200km/h là phù hợp, giảm chi phí đầu tư xã hội. Việc đầu tư dự án đường sắt tốc độ 350km/h chỉ để chở khách mà không phục vụ vận tải hàng hóa là quá dư thừa và lãng phí.
“Với chiều dài hàng nghìn kilômet, tốc độ chạy tàu trên trục Bắc - Nam khoảng 200km/h là hiệu quả, tổng mức đầu tư dự án khoảng 26 tỉ USD, giảm hơn 32 tỉ USD so với đề xuất của Bộ Giao thông vận tải (GTVT).
Bộ KH-ĐT cũng cho rằng, phương án tối ưu là nâng cấp tuyến đường sắt cũ để chở hàng hóa và đầu tư mới một tuyến đường sắt tốc độ cao để chuyên chở khách.
Dù ủng hộ việc đầu tư một tuyến đường sắt tốc độ cao mới trên trục Bắc - Nam nhưng Bộ KH-ĐT không đồng tình với đề xuất đầu tư đắt đỏ của Bộ GTVT. Đặc biệt, Bộ KH-ĐT cho rằng phải bảo đảm tính khả thi về mặt kỹ thuật, các doanh nghiệp Việt có thể tiếp cận thực hiện dự án, không để các công ty nước ngoài thâu tóm các hợp đồng có giá trị lớn thuộc dự án để tránh bị lệ thuộc.
“Các chuyên gia cho rằng, việc đề xuất của Bộ Giao thông Vận tải đầu tư tuyến đường sắt có tốc độ thiết kế 350 km/h, tốc độ khai thác 320 km/h với tổng mức đầu tư 58,71 tỷ USD, sẽ có nhiều rủi ro, tác động xấu đến nguồn vốn đầu tư phát triển", báo cáo gửi Thủ tướng của Bộ Kế hoạch và Đầu tư nhấn mạnh.
Hiện, Bộ Kế hoạch và Đầu tư kiến nghị Thủ tướng Chính phủ xem xét thành lập Hội đồng thẩm định Nhà nước để tổ chức thẩm định báo cáo nghiên cứu tiền khả thi Dự án, trong đó Hội đồng được thuê liên danh tư vấn trong nước và tư vấn nước ngoài bảo đảm độc lập, khách quan với tư vấn lập Dự án để thẩm tra báo cáo nghiên cứu tiền khả thi Dự án.