Theo Báo cáo nghiên cứu tiền khả thi Dự án Đường sắt tốc độ cao Bắc - Nam do Bộ GTVT lập và trình Chính phủ năm 2019, Bộ GTVT đề xuất 2 phương án thực hiện dự án Đường sắt tốc độ cao Bắc - Nam.
Trong đó, phương án 1 là đầu tư tuyến đường sắt tốc độ cao Bắc - Nam mới với tốc độ chạy tàu ban đầu 200km/h, khi hoàn thành toàn tuyến khai thác tốc độ 350km/h, chỉ khai thác tàu khách, tổng mức đầu tư 58,7 tỷ USD.
Phương án 2 (phương án bổ sung theo kiến nghị của Bộ KH&ĐT), đầu tư tuyến đường sắt khai thác tốc độ chạy tàu dưới 200km/h, khai thác hỗn hợp cả tàu khách và tàu hàng, tổng mức đầu tư 64,9 tỷ USD. Bộ GTVT nghiêng về chọn phương án 1.
Tuy nhiên, tư vấn thẩm tra báo cáo nghiên cứu tiền khả thi đã tính toán lại chi phí và đưa ra kết quả tổng mức đầu tư phương án 1 kể trên phải hơn 64,6 tỷ USD (tăng hơn 5,8 tỷ USD so với báo cáo tiền khả thi); nếu theo phương án 2, tổng mức đầu tư trên 76,4 tỷ USD (tăng hơn 11,5 tỷ USD).
Từ mức chi phí tăng lên quá lớn trên, đơn vị tư vấn đã đề xuất phương án thứ 3, là chạy tàu tốc độ 225km/h (tốc độ thiết kế 250km/h); khai thác hỗn hợp tàu khách và tàu hàng. Tổng mức vốn đầu tư hơn 61,6 tỷ USD (tương đương trên 1,4 triệu tỷ đồng).
Với phương án này, chi phí vận hành khoảng 18% so với đầu tư tàu chạy 350km/h, chi phí năng lượng giảm gần 28%.
Đặc biệt, phương án này cũng tạo điều kiện để các doanh nghiệp trong nước có cơ hội tiếp cận và làm chủ công nghệ; các nước phát triển trên thế giới cũng có xu hướng giảm tốc độ chạy tàu từ trên 300km/h xuống 200-250km/h, khai thác cả tàu hàng và khách để giảm chi phí...
Về nguồn vốn đầu tư và doanh thu khai thác, tư vấn thẩm tra tính toán, với phương án chạy tàu 350km/h, giá vé tàu khách bình quân 1.200 đồng/km/khách, tức chặng Hà Nội - TPHCM có giá 1,9 triệu đồng/chiều, tương đương vé máy bay. Tổng doanh thu mỗi năm khoảng 3,7 tỷ USD khó bù đắp được chi phí, nên ngân sách nhà nước phải bù lỗ. Phương án vốn sử dụng 80% ngân sách nhà nước, 20% huy động vốn xã hội cũng khó khả thi, khi hiệu quả khai thác dự án không quá cao.