Cụ thể, những vi phạm về quản lý đất đai, trật tự xây dựng tại quy hoạch đất rừng phòng hộ nêu trên, đã được Thanh tra Chính phủ (Kết luận số 754/TTCP ngày 17/4), Thanh tra thành phố (Kết luận số 301/BC -TTCP-P3 ngày 12/4/2005) kết luận và kiến nghị xử lý, UBND thành phố đã có nhiều văn bản chỉ đạo xử lý sau thanh tra. Tuy nhiên, việc xử lý, khắc phục của UBND huyện Sóc Sơn, các sở ngành liên quan rất chậm, chưa triệt để và tiếp tục để xảy ra các vi phạm.
UBND thành phố giao Thanh tra thành phố tổ chức thanh tra toàn diện việc quản lý sử dụng đất, trật tự xây dựng trong giai đoạn từ năm 2008 đến nay, tại xã Minh Trí và xã Minh Phú, huyện Sóc Sơn và việc thực hiện các nội dung của kết luận Thanh tra chính phủ, Thanh tra Thành phố, chỉ đạo sau thanh tra để báo cáo.
Các Sở: NN&PTNT, Xây dựng, Tài nguyên và Môi trường, Quy hoạch - Kiến trúc, UBND huyện Sóc Sơn, Ban quản lý rừng phòng hộ - đặc dụng Hà Nội có trách nhiệm phối hợp với Thanh tra thành phố để thực hiện.
Trong thời gian thanh tra, UBND Hà Nội yêu cầu UBND huyện Sóc Sơn, UBND các xã Minh Phú và xã Minh Trí có biện pháp ngăn chặn, đình chỉ tuyệt đối các đang thi công vi phạm, không để xảy ra sai phạm mới.
Những vi phạm về quản lý đất đai, trật tự xây dựng tại quy hoạch đất rừng phòng hộ Sóc Sơn đã được Thanh tra Chính phủ, Thanh tra thành phố kết luận và kiến nghị xử lý từ những năm 2005, 2006. Thành phố đã có nhiều văn bản chỉ đạo xử lý sau thanh tra, tuy nhiên việc xử lý, khắc phục của UBND huyện Sóc Sơn và các sở, ngành rất chậm, chưa triệt để và tiếp tục để xảy ra các vi phạm.
12 năm trước (năm 2006), Thanh tra chính phủ đã phát hiện nhiều sai phạm sau khi kiểm tra việc quản lý sử dụng đất rừng tại Lâm trường Sóc Sơn và 9 xã như Minh Phú, Minh Trí, Hiền Ninh, Phù Linh... Tại khu vực rừng phòng hộ, đặc dụng ở Sóc Sơn, cơ quan chức năng thống kê có hơn 650 hộ xây dựng công trình trên đất lâm nghiệp với diện tích 11 ha. Trong số này, gần 80 nhà kiên cố, nhà sàn mọc lên; 26 trường hợp xây dựng theo mô hình trang trại, xưởng sản xuất.
Những vi phạm cũ chưa xử lý hết thì lại có thêm nhiều sai phạm mới. Trong hơn hai năm (tháng 1/2016 đến tháng 6/2018), qua kiểm tra 28 trường hợp xây dựng trên địa bàn thôn Minh Tân, xã Minh Trí, nhà chức trách đã lập biên bản xử lý vi phạm hành chính với 12 trường hợp "tự ý chuyển mục đích sử dụng rừng đặc dụng, đất rừng phòng hộ, đất rừng sản xuất sang đất phi nông nghiệp mà không được các cơ quan nhà nước có thẩm quyền cho phép". 16 trường họp còn lại được chính quyền huyện báo cáo "đã xây dựng từ những năm trước và sử dụng ổn định".
