Quyết định khởi tố bị can đối với ông Phan Văn Vĩnh đã được Viện kiểm sát nhân dân tối cao phê chuẩn.
Kết quả điều tra ban đầu xác định: trong quá trình chỉ đạo điều tra vụ án Trương Huy Liệu và đồng phạm về tội "Buôn lậu" và "Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng", ông Phan Văn Vĩnh, Thủ trưởng Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an thời điểm đó - đã chỉ đạo việc ra quyết định xử lý vật chứng và tổ chức bán đấu giá lô gỗ vật chứng của vụ án trái pháp luật, gây thiệt hại đến lợi ích nhà nước, quyền, lợi ích hợp pháp của tổ chức.
Cơ quan điều tra nhận định hành vi phạm tội của ông Vĩnh gây ảnh hưởng xấu đến an ninh, trật tự an toàn xã hội.
Liên quan đến vụ án có vật chứng bị bán trái pháp luật, các bị cáo gồm Trương Huy Liệu, Trần Thị Dung (cùng trú huyện Hướng Hóa, tỉnh Quảng Trị) bị truy tố về tội buôn lậu; Đỗ Lý Nhi, Lê Xuân Thành (cùng trú TP. Đông Hà, Quảng Trị) và Đỗ Danh Thắng (trú quận Hải Châu, TP. Đà Nẵng) bị truy tố về tội thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng.
Theo cáo trạng của Viện kiểm sát nhân dân tối cao, ngày 17/12/2011, Trương Huy Liệu (lúc này là Phó giám đốc công ty Ngọc Hưng) đã chỉ đạo các cá nhân trong công ty làm giả hồ sơ, tài liệu để nhập khẩu lậu gỗ từ Lào về Việt Nam.
Ngày 18/12/2011, Liệu chỉ đạo các cá nhân trong công ty làm giả hồ sơ, tài liệu và sử dụng bộ hồ sơ này để xuất khẩu gỗ từ Việt Nam đi Trung Quốc với khối lượng gần 614,7m3 gỗ, trị giá hơn 63,6 tỷ đồng.
Còn bị cáo Trần Thị Dung (Giám đốc công ty Ngọc Hưng, vợ của Liệu) có hành vi ký các hồ sơ, giấy tờ giả mạo để làm thủ tục nhập khẩu, xuất khẩu lậu gỗ, đồng thời giúp sức cho Liệu thực hiện hành vi buôn lậu.
Các bị cáo Nhi, Thành (công chức hải quan Chi cục Hải quan cảng Cửa Việt) được giao nhiệm vụ kiểm hóa lô hàng gỗ xuất khẩu của công ty Ngọc Hưng nhưng không thực hiện đúng và đầy đủ các quy định về địa điểm, trình tự, thủ tục kiểm tra hàng hóa xuất khẩu nên đã đề xuất cho thông quan đối với lô hàng buôn lậu của công ty này.
Trong khi đó, Thắng (Chi cục trưởng Chi cục Hải Quan Cảng Đà Nẵng) được giao nhiệm vụ tổ chức khám xét theo thủ tục hành chính đối với lô hàng gỗ xuất khẩu có vi phạm của công ty Ngọc Hưng. Tuy nhiên, bị cáo không thực hiện đúng và đầy đủ các quy định về trình tự, thủ tục áp dụng biện pháp khám xét theo thủ tục hành chính trong lĩnh vực hải quan nên đã không phát hiện được hành vi buôn lậu của công ty Ngọc Hưng.
Viện kiểm sát nhân dân tối cao cho rằng hành vi của các bị cáo trên đã gây thất thu, thiệt hại cho ngân sách nhà nước, số tiền thuế công ty Ngọc Hưng không nộp là gần 1,9 tỷ đồng. Trong đó, bị cáo Liệu được xác định là người tổ chức, thực hiện hành vi buôn lậu. Bị cáo Dung là người giúp sức cho Liệu thực hiện hành vi buôn lậu. Các bị cáo Nhi, Thắng, Thành có hành vi thiếu trách nhiệm trong khi thi hành công vụ để hai bị cáo trên thực hiện hành vi buôn lậu.
Đối với lô gỗ của Công ty Ngọc Hưng (tang vật vụ án), Cơ quan điều tra đã ra quyết định bán đấu giá tài sản. Số tiền còn lại sau khi trừ các chi phí là hơn 60,8 tỷ đồng.
