Cụ thể, qua kiểm toán cho thấy vẫn còn tình trạng người nộp thuế hạch toán và kê khai thiếu doanh thu, xác định sai chi phí, từ đó tính thiếu thuế GTGT, thuế TNDN và lợi nhuận còn lại phải nộp NSNN… vẫn diễn ra khá phổ biến. Từ đó, KTNN xác định số phải nộp ngân sách tăng thêm hơn 19.000 tỷ đồng. Trong đó, đáng chú ý có Tổng Công ty CP Bia-Rượu-Nước giải khát Sài Gòn ( Sabeco ) 2.600 tỷ đồng; Tổng Công ty CP Bia-Rượu-Nước giải khát Hà Nội (Habeco) 1.800 tỷ đồng; Tổng Công ty Cảng hàng không Việt Nam 1.700 tỷ đồng; Tập đoàn Hóa chất Việt Nam 255 tỷ đồng…
KTNN cũng chỉ ra nhiều sai sót ở hàng loạt dự án lớn do các tập đoàn, tổng công ty Nhà nước làm chủ đầu tư. Theo đó, KTNN chỉ ra các sai sót chủ yếu như: chủ đầu tư chưa huy động đủ vốn theo cơ cấu vốn trong phương án tài chính được duyệt; thẩm định, phê duyệt dự án đầu tư khi chưa có ý kiến tham gia của các cơ quan liên quan, không đúng quy hoạch ngành; phê duyệt dự án khi chưa có báo cáo đánh giá tác động môi trường; không thực hiện đúng cam kết với Thủ tướng Chính phủ về tiến độ khi xin chỉ định thầu.
Bên cạnh đó, Tập đoàn TKV áp dụng lựa chọn nhà thầu không đúng quy định và ký kết hợp đồng vượt giá gói thầu, ký giá trị hợp đồng EPC vượt tổng mức đầu tư; ký kết hợp đồng không đúng quy định, khi chưa có bảo lãnh của Chính phủ; tiến độ hoàn thành dự án còn chậm so với kế hoạch...
Trong đó, Dự án tổ hợp bauxite - nhôm Lâm Đồng của Tập đoàn Công nghiệp than khoáng sản Việt Nam (TKV) có việc lựa chọn nhà thầu không đúng quy định và ký kết hợp đồng vượt giá gói thầu, ký giá trị hợp đồng EPC vượt tổng mức đầu tư. Hợp đồng EPC nhà máy alumin 466 triệu USD nhưng tổng mức đầu tư dự án chưa được điều chỉnh tại thời điểm đó là 6.220 tỷ đồng, tương đương 387,5 triệu USD.
Ngoài ra, một số dự án của các "ông lớn" khác cũng được điểm danh như Dự án đầu tư xây dựng thủy điện Đakđrinh của Công ty CP Thủy điện Đakđrinh (thuộc Tổng Công ty Điện lực dầu khí Việt Nam) cũng được điểm tên trong báo cáo của Kiểm toán Nhà nước. Chủ đầu tư của không huy động đủ vốn để thực hiện dự án, phải sử dụng nguồn vốn sản xuất kinh doanh không có trong phương án tài chính được phê duyệt chi trả cho các chi phí trong giai đoạn đầu tư nhưng chưa được cấp thẩm quyền chấp thuận là 148,98 tỷ đồng.
Dự án đường dây 500 kV nhiệt điện Duyên Hải - Mỹ Tho, vốn đối ứng của EVNNPT 256,503 tỷ đồng bằng 9,14% TMĐT (256,503 tỷ đồng /2.806,260 tỷ đồng) thấp hơn 11,65% so với phương án tài chính được duyệt (20,79%); Dự án thủy điện Nậm Chiến có nguồn vốn tự có theo cơ cấu được duyệt 20,8%, thực hiện 17,5%.
Báo cáo KTNN cũng nhắc đến một số "đại dự án thua lỗ" từng được báo chí nhắc đến nhiều như: Dự án Nhà máy Đạm Ninh Bình đến 31/12/2016 số lỗ luỹ kế 3.197 tỷ đồng, kết quả sản xuất kinh doanh 6 tháng đầu năm 2017 lỗ 386,94 tỷ đồng; Dự án Nhà máy Đạm Hà Bắc đến hết tháng 6/2017, số lỗ lũy kế của đơn vị 2.035 tỷ đồng; Dự án Nhà máy DAP Hải Phòng đến năm 2016 lỗ 469,45 tỷ đồng; Dự án Nhà máy DAP số 02 đến hết tháng 6/2017, số lỗ lũy kế 1.447 tỷ đồng; Dự án Khu liên hợp Gang thép Cao Bằng sản lượng năm 2016 chỉ đạt khoảng 37%, đến 31/12/2016 lỗ lũy kế 248,1 tỷ đồng.
