Theo kết luận thanh tra, Saigon Co.op được UBND TP.HCM phê duyệt điều lệ tổ chức và hoạt động theo quyết định số 1344/QĐ-UB-KT ngày 5/3/1999 với tổng vốn đăng ký là hơn 23 tỉ đồng. Từ năm 1999 đến nay, Saigon Co.op được UBND thành phố giao cùng Sở Tài chính - Vật giá Thành phố (nay là Sở Tài chính) xây dựng quy chế quản lý nguồn vốn này trình UBND thành phố. Thế nhưng, đến nay các đơn vị vẫn chưa thực hiện.
Về các nguồn vốn, các tài sản Saigon Co.op tiếp nhận từ Liên hiệp Hợp tác xã Mua bán thành phố chuyển sang và nguồn tài trợ khác, Saigon Co.op phải có nghĩa vụ sử dụng có hiệu quả, bảo toàn, phát triển và xây dựng quy chế để quản lý chặt chẽ tài sản không chia nhưng Saigon Co.op chưa mở sổ theo dõi khi tiếp nhận tài sản không chia là không thực hiện đúng quy định.
Trong danh sách tài sản các mặt bằng nhà đất Saigon Co.op đang quản lý sử dụng hiện nay đều có hợp đồng thuê, điều khoản thanh toán là trả tiền thuê hàng năm hoặc thuê đất trả tiền một lần. Tuy nhiên, mặt bằng số 1 Đặng Văn Bi, P.Bình Thọ, Q.Thủ Đức (Cửa hàng Co.op Food Đặng Văn Bi) hiện do Saigon Co.op quản lý, sử dụng lại không có hồ sơ pháp lý là chưa đúng với quy định.
Bên cạnh đó, khi kiểm tra việc tăng vốn điều lệ năm 2020, Thanh tra TP.HCM nhận thấy việc Hợp tác xã (HTX) thành viên huy động từ nguồn vốn bên ngoài không phải là thành viên của HTX để góp vốn vào Saigon Co.op là không đúng quy định.
Hơn nữa, kết quả hoạt động sản xuất kinh doanh của 6 HTX thành viên hoạt động kinh doanh không có hiệu quả trong các năm 2018, 2019.
Điều bất thường là một số HTX hoạt động mức lợi nhuận đạt sau thuế dưới 6 tỷ đồng nhưng không tham gia góp vốn, trong khi phần lớn các HTX lợi nhuận đạt được sau thuế chỉ 24 triệu đồng đến dưới 500 triệu đồng lại tham gia góp với số vốn góp hàng trăm tỷ đồng.
Không những thế, phân tích tỷ suất lợi nhuận sau thuế trên vốn đầu tư của các HTX thành viên cho thấy, tỷ suất lợi nhuận đạt được từ 26% - 39% trên vốn góp nên nhu cầu của các cá nhân, tổ chức muốn đầu tư vào Saigon Co.op là có cơ sở. Điều này cũng cho thấy nếu không làm rõ được nguồn vốn tăng lên thì Saigon Co.op sẽ bị chi phối bởi các tổ chức, cá nhân bên ngoài và không giữ được nguyên tắc tổ chức, hoạt động.
Đồng thời, có dấu hiệu thâu tóm, chiếm đoạt vốn, tài sản của Saigon Co.op được hình thành từ khi thành lập đến nay, xâm phạm đến quyền sở hữu tài sản chung (tài sản không chia) và tài sản của Nhà nước, ảnh hưởng đến an ninh kinh tế của thành phố nói riêng và cả nước nói chung, việc làm này có dấu hiệu vi phạm pháp luật hình sự.
Ngoài ra, để quá trình thanh tra được chính xác, chặt chẽ, khách quan, đúng pháp luật, ngày 24/7/2020, Thanh tra TP.HCM có văn bản số 166/TTTP-P5 đề nghị Chủ tịch HĐQT Saigon Co.op tạm đình chỉ việc tiến hành Đại hội thành viên cho đến khi có kết luận chính thức và ý kiến chỉ đạo từ cấp có thẩm quyền.
Tuy nhiên, Saigon Co.op không chấp hành, vẫn tiến hành Đại hội biểu quyết các vấn đề liên quan làm ảnh hưởng đến hoạt động và nội dung kết luận thanh tra về công tác nhân sự, phương án huy động vốn, tăng vốn điều lệ, việc rút vốn của các HTX thành viên… là vi phạm pháp luật thanh tra.
Cũng theo kết luận thanh tra, các sai phạm nêu trên trách nhiệm thuộc về Hội đồng quản trị Liên hiệp; Thành viên Liên hiệp; Ban Tổng giám đốc, các phòng ban chức năng và cá nhân có liên quan tại các thời kỳ.
Trước những sai phạm trên, Thanh tra TP.HCM kiến nghị Chủ tịch UBND TP.HCM chỉ đạo yêu cầu Saigon Co.op nghiêm túc chấp hành các quy định pháp luật thanh tra như: tạm ngưng thực hiện các nội dung liên quan đến kết luận thanh tra và không thay đổi nhân sự Hội đồng quản trị, Ban Tổng Giám đốc, lãnh đạo các phòng ban đến khi có kết luận xử lý và chỉ đạo thực hiện kết luận thanh tra của người có thẩm quyền.
Bên cạnh đó, Saigon Co.op chủ trì phối hợp với Sở Tài chính khẩn trương xây dựng quy chế để quản lý, mở sổ theo dõi chặt chẽ tài sản không chia tích lũy qua các năm được tiếp nhận từ Liên hiệp Hợp tác xã Mua bán thành phố chuyển sang đến nay (từ năm 1999); nguồn tài trợ khác; Saigon Co.op có nghĩa vụ sử dụng có hiệu quả, bảo toàn, phát triển.
Đồng thời, tổ chức rà soát kiểm tra, làm rõ nguồn vốn góp của các Hợp tác xã thành viên; đề xuất phương án xử lý số vốn điều lệ tăng từ vốn, tài sản không chia; số tiền huy động năm 2020 tăng vốn điều lệ không đúng quy định…
