Thông tư nêu rõ, chi phí đầu tư được quyết toán là toàn bộ chi phí hợp pháp thực hiện trong quá trình đầu tư để đưa dự án vào khai thác, sử dụng. Đây là toàn bộ các khoản chi phí thực hiện trong phạm vi dự án, dự toán được duyệt và hợp đồng đã ký kết phù hợp với quy định của pháp luật kể cả phần điều chỉnh, bổ sung được duyệt theo quy định và đúng thẩm quyền. Chi phí đầu tư được quyết toán phải nằm trong giới hạn tổng mức đầu tư được duyệt hoặc được điều chỉnh, bổ sung theo quy định của pháp luật.
Thông tư cũng quy định rõ về quyết toán dự án thành phần, tiểu dự án, công trình, hạng mục công trình độc lập hoàn thành.
Theo đó, đối với các dự án quan trọng quốc gia, dự án nhóm A có nhiều dự án thành phần, tiểu dự án độc lập (có thể vận hành độc lập, khai thác sử dụng hoặc được phân kỳ đầu tư) có quyết định phê duyệt dự án đầu tư riêng biệt: Mỗi dự án thành phần hoặc tiểu dự án độc lập thực hiện lập báo cáo quyết toán, thẩm tra và phê duyệt quyết toán như một dự án đầu tư độc lập.
Dự án thành phần hoặc tiểu dự án đã được thẩm tra và phê duyệt theo quy định không phải kiểm toán quyết toán, thẩm tra và phê duyệt quyết toán lại. Các bộ, cơ quan ngang bộ, cơ quan thuộc Chính phủ, cơ quan khác ở Trung ương, tập đoàn, tổng công ty nhà nước, Ủy ban nhân dân các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương được giao quản lý dự án thành phần chính hoặc được giao làm đầu mối tổng hợp dự án chịu trách nhiệm báo cáo kết quả tổng quyết toán toàn bộ dự án gửi Thủ tướng Chính phủ, Bộ Tài chính, Bộ Kế hoạch và Đầu tư khi dự án quan trọng quốc gia, dự án nhóm A hoàn thành toàn bộ.
Đối với bồi thường, hỗ trợ, tái định cư: Trường hợp trong phê duyệt chủ trương đầu tư dự án quan trọng quốc gia, dự án nhóm A, nội dung bồi thường, hỗ trợ, tái định cư được tách thành dự án độc lập: Việc lập báo cáo quyết toán và thẩm tra quyết toán thực hiện như một dự án đầu tư độc lập.
Đối với công trình, hạng mục công trình độc lập hoàn thành đưa vào sử dụng của dự án đầu tư: Trường hợp cần thiết phải thẩm tra, phê duyệt quyết toán thì chủ đầu tư báo cáo người có thẩm quyền quyết định phê duyệt dự án đầu tư xem xét, quyết định. Giá trị quyết toán của công trình, hạng mục công trình bao gồm: Chi phí xây dựng, chi phí thiết bị, các khoản chi phí tư vấn và chi khác có liên quan trực tiếp đến công trình, hạng mục công trình đó. Chủ đầu tư tổng hợp giá trị quyết toán được duyệt của công trình, hạng mục công trình vào báo cáo quyết toán dự án hoàn thành toàn bộ và xác định mức phân bổ chi phí chung cho từng công trình, hạng mục công trình thuộc dự án, trình người có thẩm quyền phê duyệt quyết toán dự án hoàn thành.
Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 10/4/2020.
