Cụ thể những phản ánh của báo chí về chính sách thuế bao gồm:
Từ năm 2012 - 2016, số doanh nghiệp FDI báo lỗ chiếm 44 - 51% tổng số doanh nghiệp, là dấu hiệu của chuyển giá. Nhưng thực tế có cung cấp hay không thì ngành thuế cũng khó biết do chưa có chức năng điều tra. Nhiều doanh nghiệp chuyển giá thông qua các khoản vay từ công ty mẹ, công ty liên kết có chi phí lãi vay quá mức thông thường. Do đó cần có cơ chế kiểm soát để hạn chế doanh nghiệp FDI có lỗ lũy kế, lỗ mất vốn nhưng vẫn mở rộng sản xuất kinh doanh.
Chính sách ưu đãi thuế nghiêng theo ưu đãi địa bàn hơn là lĩnh vực. Việc áp dụng ưu đãi theo lĩnh vực còn khó khăn về thủ tục. Phó Tổng giám đốc Tư vấn thuế Deloitte Việt Nam Bùi Ngọc Tuấn nhận định, các ngành dịch vụ giá trị gia tăng cao chưa có cơ chế ưu đãi hợp lý; các mức chính sách ưu đãi thuế còn cứng nhắc, nhiều trường hợp nhà đầu tư không tận dụng được ưu đãi thuế nên giảm sức thu hút đầu tư.
Việt Nam có danh mục 75 hiệp định thuế quan đã ký với mức độ, phạm vi rất rộng và toàn diện. Song trên thực tế cộng đồng doanh nghiệp FDI phàn nàn việc giảm thuế theo các hiệp định ký kết chưa áp dụng tự động. Việc cơ quan thuế không hề ban hành bất kỳ văn bản nào xác nhận việc miễn, giảm thuế theo các hiệp định đã ký kết khi họ nhận “hồ sơ thông báo thuộc diện miễn, giảm thuế” từ doanh nghiệp.
Về các vấn đề báo chí đã nêu trên, Thủ tướng Chính phủ Nguyễn Xuân Phúc giao Bộ Tài chính, Tổng cục thuế nghiên cứu, tham khảo để có biện pháp phù hợp trong công tác chỉ đạo, điều hành.
