Theo đó, UBND TP.HCM giao Cảng vụ Đường thủy nội địa là đầu mối lập dự toán và thanh quyết toán các chi phí hoạt động của Cảng vụ Đường thủy nội địa, Cục Hải quan thành phố và doanh nghiệp quản lý kho bãi cảng.
Do đó, nguồn kinh phí thực hiện, chi phí phục vụ cho hoạt động thu phí của Cảng vụ Đường thủy nội địa và chi phí cho hoạt động hỗ trợ việc thu phí của Cục Hải quan thành phố và doanh nghiệp quản lý kho bãi cảng được sử dụng từ nguồn thu phí được trích để lại.
Bên cạnh đó, Cảng vụ Đường thủy nội địa có trách nhiệm chủ trì làm việc với các đơn vị liên quan để triển khai việc mua sắm trang thiết bị và hệ thống phần mềm để thực hiện việc thu phí sử dụng kết cấu hạ tầng, công trình dịch vụ tiện ích công cộng trong khu vực cửa khẩu cảng biển trên địa bàn thành phố trên môi trường điện tử.
Đồng thời, tổ chức công tác thu theo Nghị quyết số 10/2020/NQ-HĐND; định kỳ báo cáo số thu nộp, sử dụng cho Cục Thuế thành phố và Sở Giao thông vận tải. Chủ trì phối hợp với các cơ quan, đơn vị có liên quan triển khai tổ chức thu và thực hiện kiểm tra giám sát việc nộp phí.
Còn đối với chi phí liên quan đến các hạng mục công nghệ thông tin phải đầu tư ban đầu (trong thời gian chưa phát sinh số thu) để phục vụ công tác thu phí, được sử dụng từ dự toán chi ngân sách sự nghiệp khoa học và công nghệ (kinh phí sự nghiệp thông tin và truyền thông) UBND thành phố đã giao cho Sở Thông tin và Truyền thông năm 2021 để thực hiện.
