Theo báo cáo của UBND TP.HCM, trên địa bàn Thành phố hiện có tổng cộng 44 Ban quản lý dự án có nhiệm vụ quản lý đầu tư xây dựng và một số sở, ngành không có Ban quản lý nhưng có thực hiện chức năng, nhiệm vụ về quản lý dự án đầu tư xây dựng.
Có 11 BQL thuộc 8 sở, ngành, đơn vị, gồm: BQL Đầu tư xây dựng các công trình thuộc Sở Y tế; BQL đầu tư xây dựng các công trình thuộc Sở GD&ĐT; BQL đầu tư xây dựng các công trình thuộc Sở VH&TT; BQL đầu tư xây dựng các công trình thuộc Sở LĐTB&XH. Nhiều sở quản lý cùng lúc nhiều BQL, như: Sở GTVT “quản” BQL dự án nạo vét luồng Soài Rạp (giai đoạn 2), BQL Đầu tư dự án vệ sinh môi trường, các Khu Quản lý Giao thông đô thị số 1, 2, 3, 4 và Khu Quản lý giao thông đường thủy. Trung tâm chống ngập quản 4 BQL, gồm: BQL dự án 1547; BQL dự án Thoát nước đô thị; BQL dự án Cải tạo kênh Ba Bò; BQL dự án Xây dựng công trình.
Đặc biệt, một số BQL “cha” được giao quản lý BQL “con”, như BQL Khu Công nghệ cao “quản” BQL các dự án đầu tư - xây dựng Khu Công nghệ cao; BQL đầu tư xây dựng Khu đô thị mới Thủ Thiêm quản BQL công trình Thủ Thiêm. Tại 24 quận - huyện, TPHCM còn có các BQL đầu tư xây dựng công trình là đơn vị sự nghiệp công lập tự chủ trực thuộc UBND quận - huyện.
Với cơ cấu trên, bộ máy BQL của TPHCM hiện có 43 trưởng BQL, 92 phó BQL, 213/255 biên chế (cơ quan hành chính), 672/696 người (đơn vị sự nghiệp chưa tự chủ) và 238 người (đơn vị sự nghiệp tự chủ, không giao số người làm việc). Các BQL đang quản lý hơn 3.000 dự án với tổng số tiền hơn 323 nghìn đồng.
Theo đánh giá của UBND TPHCM, dù đã đạt được một số kết quả tích cực, mô hình tổ chức nói trên làm nguồn vốn đầu tư phân tán, dàn trải. Nhiều dự án lâm vào tình trạng thiếu vốn phải hoãn, giãn tiến độ dẫn tới tăng tổng mức đầu tư, công tác thanh quyết toán kéo dài, công trình triển khai dở dang chậm được đưa vào sử dụng, hiệu quả đầu tư thấp. Hoạt động của các BQL chồng chéo, kém hiệu quả. Các BQL Đầu tư - Xây dựng khu đô thị mới đang thực hiện theo mô hình cơ quan hành chính là chưa phù hợp với quy định pháp luật.
Nhằm giảm đầu mối, khắc phục chồng chéo, dàn trải, trùng lắp về chức năng, nhiệm vụ, UBND TP.HCM đã trình HĐND Thành phố Đề án sắp xếp lại các ban quản lý dự án của Thành phố, quận - huyện, ban quản lý đầu tư các khu đô thị, ban quản lý đầu tư các dự án ODA.
Theo Đề án, dự kiến nếu không tính các đơn vị có chức năng, nhiệm vụ quản lý dự án đầu tư xây dựng, Thành phố sẽ giảm được 11 đầu mối. So với biên chế, số lượng người làm việc được giao năm 2017, việc sắp xếp dự kiến giảm khoảng 110 biên chế hành chính trở lên và có khả năng giảm số lượng người làm việc khoảng 245 người.