Năm 2013, DAB kinh doanh sa sút, thua lỗ kéo dài, thiếu hụt số lượng lớn vàng và tiền trong kho quỹ. Ông Trần Phương Bình muốn Vũ “nhôm” đầu tư vào DAB để Bình có tiền xử lý khó khăn tại ngân hàng, tăng vốn điều lệ từ 5000 tỷ đồng lên 6000 tỷ đồng (năm 2014).
Cuối năm 2013, ông Bình và Vũ “nhôm” bàn bạc, thống nhất để Vũ "nhôm" mua 60 triệu cổ phần DAB với giá hơn 600 tỷ đồng khi DAB tăng vốn điều lệ nhằm để Vũ "nhôm" thành cổ đông lớn, có quyền chi phối tại DAB. Vũ "nhôm" thế chấp hàng trăm lô đất tại TP Đà Nẵng để vay DAB 400 tỷ đồng, còn thiếu 200 tỷ đồng Vũ "nhôm" nhờ Bình giúp đỡ.
Bình và Vũ “nhôm” thống nhất DAB xuất quỹ chi cho Vũ "nhôm" bằng cách Vũ "nhôm" phải ký chứng từ nộp khống 200 tỷ đồng tại DAB.
Kết luận điều tra bổ sung nêu, 200 tỷ đồng mà Vũ nộp vào DAB là khống, 200 tỷ đồng DAB chuyển vào tài khoản của Công ty Bắc Nam 79 là thật. Số tiền này đã được dịch chuyển sở hữu bất hợp pháp từ DAB sang cho công ty của Vũ “nhôm”. Vì vậy, hành vi của Bình và Vũ “nhôm” gây thiệt hại cho DAB 200 tỷ đồng tiền gốc và 3,1 tỉ đồng tiền lãi.
Ngân hàng TMCP Đông Á (DAB) được thành lập năm 1992, hiện có vốn điều lệ là 5000 tỷ đồng; 100% cổ đông trong nước, cổ đông sáng lập chiếm 13,21% và cổ đông thường chiếm 86,79%. Trong đó nhóm gia đình ông Trần Phương Bình chiếm 10,24%; nhóm Công ty CP vàng bạc đá quý Phú Nhuận (PNJ) do vợ của ông Trần Phương Bình làm Chủ tịch Hội đồng quản trị, nắm giữ 7,7% vốn điều lệ DAB.
Ngày 23/7/2015, Cơ quan Thanh tra Giám sát Ngân hàng Nhà nước có Kết luận thanh tra về một số sai phạm xảy ra tại Ngân hàng DAB, nêu rõ: Tổng số dư nợ tại DAB là 20.233 tỷ đồng, trong đó 123 khách hàng có dư nợ 19.644 tỷ đồng. Trong số này, có gần 8.000 tỷ đồng là nợ khó thu hồi và hơn 5.600 tỷ đồng là nợ không có khả năng thu hồi (chủ yếu là cho vay tín chấp).
Từ đó, ngày 13/8/2015, Ngân hàng Nhà nước có Quyết định số 69 về việc kiểm soát đặc biệt Ngân hàng DAB. Qua công tác rà soát, kiểm tra, giám soát, đã phát hiện Kho quỹ Hội sở DAB thiếu hụt gần 2100 tỷ đồng và hơn 62000 lượng vàng; Kho quỹ DAB Sở giao dịch thiếu hụt gần 417 tỷ đồng.
Ngân hàng Nhà nước đã chuyển hồ sơ vụ việc này đến Cơ quan Công an để đề nghị điều tra làm rõ. Ngày 9/12/2016, Cơ quan CSĐT Bộ Công an đã ra quyết định khởi tố vụ án hình sự, khởi tố bị can và lệnh bắt tạm giam đối với ông Trần Phương Bình, Nguyễn Thị Ngọc Vân về tội "Cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng" và tội "Vi phạm quy định về cho vay trong hoạt động của các tổ chức tín dụng".
Riêng ông Trần Phương Bình bị khởi tố bổ sung tội "Lạm dụng tín nhiệm chiếm đoạt tài sản".
Theo đó, với vai trò là Tổng Giám đốc, Phó Chủ tịch Hội đồng quản trị và Chủ tịch Hội đồng tín dụng DAB, Trần Phương Bình đã tổ chức, chỉ đạo các hoạt động ngân quỹ, tín dụng, đầu tư… tại DAB; Lạm dụng chức vụ, quyền hạn chiếm đoạt tài sản, Cố ý làm trái Luật kế toán, Luật các Tổ chức tín dụng và Điều lệ DAB, gây thiệt hại cho DAB tổng số tiền gần 3600 tỷ đồng.
Cụ thể, Trần Phương Bình phạm đã phạm tội Lạm dụng chức vụ, quyền hạn chiếm đoạt tài sản trong việc: Chỉ đạo cấp dưới xuất quỹ chi sai nguyên tắc 1160 tỷ đồng để mua hơn 74,2 triệu cổ phần DAB; chi gần 500 tỷ đồng để mua 13,9 triệu USD và Vũ "nhôm" mua cổ phần DAB; 349,6 tỷ đồng để sử dụng cá nhân.
Như vậy, với hành vi "Lạm dụng chức vụ...", Bình đã chiếm đoạt của DAB tổng số hơn 2000 tỷ đồng.
Riêng với hành vi "Cố ý làm trái quy định...", Bình đã gây thiệt hại thêm tổng số tiền vào khoảng hơn 1560 tỷ đồng. Trong số này, Bình đã chỉ đạo cấp dưới xuất quỹ chi sai nguyên tắc 467,8 tỷ đồng đồng để chi lãi ngoài; hơn 53 tỷ đồng để tất toán khoản vay của Nguyễn Hồng Ánh (cán bộ hưu trí) liên quan đến việc tất toán khống khoản vay 1900 lượng vàng.
Gần 43 tỷ đồng, ông Bình dùng để sử dụng chi tiêu cho các mục đích khác; xuất khẩu vàng trái phép gây thiệt hại hơn 611 tỷ đồng; kinh doanh ngoại hối trái phép gây thiệt hại hơn 384 tỷ đồng...
