Cụ thể, 17 CCN nằm xen lẫn trong khu dân cư nên không có quy hoạch hạ tầng giao thông riêng; 27 CCN chưa có hệ thống thoát nước mưa và nước thải riêng; 44 CCN chưa đầu tư xây dựng trạm xử lý nước thải tập trung; 59 CCN chưa có bãi tập kết, phân loại chất thải rắn. Đáng lo ngại nhất là hầu hết CCN chưa được đầu tư hệ thống phòng cháy, chữa cháy theo quy định...
Điển hình như tại cụm công nghiệp La Phù (xã La Phù, huyện Hoài Đức) có quyết định thành lập từ năm 2001, hiện đã lấp đầy diện tích với 312 doanh nghiệp, hộ kinh doanh, sản xuất. Do nhu cầu về mặt bằng, không ít hộ đã cố tình cơi nới, mở rộng xưởng sản xuất hoặc sử dụng sai mục đích. Từ đầu năm 2019 đến nay, xã La Phù đã xử lý hàng chục nhà xưởng vi phạm trật tự xây dựng. Nhưng do CCN này nằm xen trong khu dân cư, nhiều chủ doanh nghiệp, các hộ kinh doanh lợi dụng ngày nghỉ lễ hoặc ban đêm để xây dựng công trình. Trong khi lực lượng chức năng mỏng, cho nên những vi phạm này khó xử lý dứt điểm.
Mới đây, UBND TP. Hà Nội đã ban hành Công văn 4517/UBND-KT về ‘Tăng cường công tác quản lý các CCN đang hoạt động trên địa bàn thành phố” yêu cầu các sở, ngành, UBND quận, huyện, thị xã tăng cường công tác quản lý các CCN đang hoạt động trên địa bàn Thành phố. Theo đó, yêu cầu Sở Công Thương nghiên cứu, hoàn thiện, báo cáo UBND Thành phố ban hành “Quy chế phối hợp quản lý CCN trên địa bàn thành phố” làm cơ sở cho việc triển khai công tác quản lý các CCN...
Hiện, Sở Công Thương đang xây dựng dự thảo, tham mưu UBND Thành phố phê duyệt "Chương trình hỗ trợ đầu tư hạ tầng kỹ thuật CCN trên địa bàn thành phố Hà Nội giai đoạn 2020-2023". Dự kiến tổng kinh phí thực hiện khoảng 4.075,3 tỷ đồng.
Trong đó, hỗ trợ kinh phí hoàn thiện hạ tầng (hệ thống xử lý nước thải, bãi tập kết chất thải rắn, hệ thống giao thông nội bộ, tường rào cụm công nghiệp, nhà điều hành…) cho 56 CCN do Ban quản lý dự án cấp huyện làm chủ đầu tư (khoảng 1.562,7 tỷ đồng). Đồng thời, hỗ trợ một phần kinh phí cho các doanh nghiệp là chủ đầu tư các CCN thành lập mới thuộc địa bàn các huyện khó thu hút đầu tư như Ba Vì, Mỹ Đức...
Sở đang gấp rút nghiên cứu, hoàn thiện, trong quý IV/2019 báo cáo UBND Thành phố ban hành "Quy chế phối hợp quản lý CCN trên địa bàn TP Hà Nội" giữa các ngành: Công thương, Kế hoạch và Đầu tư, Quy hoạch kiến trúc, Xây dựng, Khoa học và Công nghệ, Tài nguyên và Môi trường..., làm cơ sở cho việc tăng cường công tác quản lý các CCN của Thủ đô.
Hiện Hà Nội có 70 CCN đang hoạt động, được hình thành trước khi Nghị định số 68/2017/NĐ-CP ngày 25/5/2017 của Chính phủ về quản lý, phát triển CCN có hiệu lực. Tổng diện tích các CCN theo hiện trạng là 1.330 ha, đã thu hút được 3.864 hộ, doanh nghiệp vào đầu tư sản xuất, kinh doanh với khoảng 57.255 lao động, tổng vốn đăng ký đầu tư là 7.400 tỷ đồng, tổng doanh thu gần 7.000 tỷ đồng.
Trong số này có 3 CCN tập trung gồm: CCN Chương Mỹ rộng 50 ha; CCN Sơn Tây rộng 70 ha; CCN Phúc Thọ rộng 55 ha.