Theo Chi cục Vệ sinh An toàn thực phẩm (ATTP), tổng số lượt cơ sở được thanh kiểm tra ATTP qua một năm thí điểm là 64.130 cơ sở, số cơ sở vi phạm: 10.318 cơ sở, với số tiền phạt hơn 10,8 tỷ đồng. Lỗi vi phạm chủ yếu là sử dụng người trực tiếp chế biến thức ăn mà không đội mũ, đeo khẩu trang; vi phạm về điều kiện bảo đảm ATTP trong bảo quản thực phẩm; cống rãnh thoát nước khu vực chế biến ứ đọng; không được che kín. Không thực hiện lưu mẫu thực phẩm, kiểm thực 3 bước, khu vực sơ chế, chế biến có côn trùng, động vật gây hại. Nhãn mác chưa đầy đủ nội dung theo quy định.
So sánh với kết quả kiểm tra cùng kỳ trước khi tiến hành thí điểm thanh tra chuyên ngành, số lượng lượt cơ sở được thanh kiểm tra ít hơn, tỷ lệ cơ sở vi phạm là tương đương (16%) nhưng tỷ lệ số cơ sở vi phạm bị xử phạt vi phạm hành chính tăng lên (từ 3,3% lên 8,3%), số tiền phạt tăng lên, đặc biệt với tuyến xã/phường. Riêng với các cơ sở được thanh tra 100% cơ sở có vi phạm đều bị xử phạt vi phạm hành chính.
Tuy nhiên, quá trình triển khai chương trình vẫn gặp mốt số khó khăn do hầu hết các quận, huyện và xã, phường triển khai thí điểm thanh tra lần đầu (25/30 quận, huyện và 574/584 xã, phường, thị trấn), tuyến quận, huyện triển khai thí điểm lần đầu chưa có nhiều kinh nghiệm nên còn bỡ ngỡ khi thực hiện triển khai thanh tra chuyên ngành. Công chức, viên chức được giao nhiệm vụ thanh tra được tập huấn, đào tạo các kiến thức cơ bản, để có kinh nghiệm thực tiễn cần thời gian dài; quy trình thanh tra chặt chẽ, phức tạp nên gặp khó khăn, sợ sài khi thực hiện, đặc biệt là tuyến xã.
Khi tiến hành thanh tra chuyên ngành ATTP, số cơ sở sản xuất, chế biến, kinh doanh thực phẩm trên địa bàn xã, phường, thị trấn chủ yếu là các cơ sở nhỏ lẻ, thường xuyên biến động, hoạt động theo thời vụ, ngoài giờ, thay đổi địa điểm, tồn tại chợ tạm, chợ cóc... gây khó khăn cho việc thanh tra chuyên ngành ATTP và xử lý vi phạm hành chính, như khi ban hành quyết định thanh tra xong thì cơ sở đã đóng cửa, chuyển địa điểm, không hợp tác với đoàn.
Tâm lý “làng xóm, họ hàng” đặc biệt là ở các xã, thị trấn và các cơ sở được thanh tra tại tuyến xã thường quá nhỏ lẻ, tạm bợ nên các đoàn thường có tâm lý ngại thanh tra, chỉ đôn đốc nhắc nhở cơ sở làm hạn chế kết quả xử lý vi phạm hành chính, đặc biệt tại tuyến xã.
Vì vậy, để đạt hiệu quả hơn nữa trong thời gian tới về vấn đề bảo đảm ATTP, theo Phó Chủ tịch UBND TP. Hà Nội Nguyễn Văn Sửu, hoạt động thanh tra chuyên ngành ATTP nên tiếp tục được duy trì ở tuyến quận, huyện. Đồng thời cần xem xét việc duy trì thí điểm thanh tra chuyên ngành an toàn thực phẩm tại tuyến xã do kết quả triển khai chưa hiệu quả.
Nếu triển khai thanh tra chuyên ngành ATTP cả tuyến xã, phường, thị trấn cần đơn giản hơn quy trình thanh tra, nghiên cứu thêm điều kiện tiêu chuẩn cán bộ đào tạo chứng chỉ thanh tra chuyên ngành để huy động được các lực lượng cán bộ hợp đồng có chuyên môn thuộc lĩnh vực nông nghiệp, công thương thuộc tuyến xã, phường tham gia vào đoàn thanh tra.