Theo đó, dự án đầu tư xây dựng siêu thị Co.opmart Kon Tum do Liên hiệp HTX Thương mại TP.HCM làm chủ đầu tư (tại số 205 đường Lê Hồng Phong, phường Quyết Thắng, TP.Kon Tum) là dự án đầu tư sử dụng khu đất, quỹ đất có giá trị thương mại cao do đó cần lựa chọn nhà đầu tư thuộc danh mục dự án được phê duyệt của tỉnh nhưng UBND tỉnh Kon Tum lại không thực hiện, điều này là hành vi vi phạm pháp luật.
Năm 2016, UBND tỉnh Kon Tum giao Trung tâm phát triển quỹ đất tỉnh tổ chức xác định giá trị tài sản còn lại trên diện tích đất nhằm tạo mặt bằng sạch phục vụ đấu giá và giao tham mưu phương án đấu giá quyền thuê đất. Đến ngày 5/7/2016, Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh Kon Tum có văn bản số 820/STNMT-QH gửi Tổng cục quản lý đất đai và được trả lời với nội dung: Dự án siêu thị Co.opmart thuộc danh mục ngành nghề ưu đãi đầu tư và địa bàn ưu đãi đầu tư nên được miễn tiền thuê đất và không phải đấu giá đất.
Tuy nhiên, theo Thanh tra Chính phủ, diện tích 8.704,3m2 đất thực hiện dự án có nguồn gốc là nhà đất công do Trung tâm văn hóa, Trung tâm phát hành phim và chiếu bóng tỉnh Kon Tum (thuộc Sở văn hóa, thể thao, và du lịch) quản lý sử dụng; việc UBND tỉnh Kon Tum giao Trung tâm Phát triển quỹ đất tỉnh tham mưu phương án đấu giá quyền thuê đất mà không sắp xếp, xử lý tài sản công là không đúng quy định.
Thực tế, khu đất 8.704,3m2 là một thửa đất liền thửa đã được Trung tâm Phát triển quỹ đất tỉnh Kon Tum bàn giao cho chủ đầu tư quản lý từ tháng 1/2017 nhưng được tách làm hai phần cho thuê hai lần. Trong khi UBND tỉnh Kon Tum chưa có quyết định đơn giá đất cụ thể cho phần diện tích lần đầu là 5.425,9m2 thì UBND tỉnh lại tiếp tục thống nhất cho thuê thêm phần còn lại với diện tích 3.227,3m2 nhưng không chỉ đạo xác định giá đất cụ thể cho toàn bộ thửa đất đã làm tăng chi phí xác định giá đất cụ thể thành hai lần dẫn đến có thể chưa xác định hết giá trị lợi thế thương mại của thửa đất có 3 mặt tiền.
Riêng, đối với phần diện tích 3.227,3m2/8.653,7m2 (thuê bổ sung), việc UBND tỉnh Kon Tum ban hành quyết định thu hồi, chuyển mục đích sử dụng đất và cho thuê 3.227,3m2 để thực hiện dự án siêu thị Co.opmart khi chưa điều chỉnh quy hoạch là vi phạm Luật đất đai năm 2013; không những thế, UBND tỉnh còn phê duyệt giá đất cụ thể khi chứng thư thẩm định giá đất của Công ty CP Thông tin và Thẩm định giá Miền Nam đã hết hiệu lực là sai.
Mặt khác, dự án chậm tiến độ, hết thời hạn đầu tư, chưa nộp tiền thuê đất, nhưng Sở Kế hoạch và Đầu tư không đề xuất tỉnh chấm dứt hoạt động mà có văn bản đề xuất triển khai hoạt động kinh doanh trên phần diện tích đất khu vui chơi trẻ em, công viên cây xanh là đề xuất sử dụng đất sai mục đích, vi phạm luật đất đai 2013, không hoàn thành chức năng, nhiệm vụ được giao. Còn Sở Tài nguyên và Môi trường tuỳ tiện, lạm quyền khi có văn bản gửi Cục Thuế tỉnh đề nghị tính tiền thuê đất khi chưa có ý kiến chỉ đạo của UBND tỉnh.
Bên cạnh đó, chủ đầu tư đã thực hiện lát nền bê tông toàn bộ, làm bãi để ô tô không có mái che, xây dựng nhà để xe có mái che, dựng dãy ki ốt cho thuê mặt góc đường Lê Hồng Phong – Bà Triệu nhưng cơ quan chức năng không có biện pháp xử lý là buông lỏng quản lý sử dụng đất và hoạt động xây dựng.
Ngoài ra, việc cơ quan chức năng chậm ban hành văn bản liên quan đến xác định nghĩa vụ tài chính của dự án là thiếu trách nhiệm, có nguy cơ làm thất thu ngân sách nhà nước; để doanh nghiệp chiếm dụng tiền thu đất phải nộp trong khoảng 15 tháng với số tiền 68.326,321 triệu đồng từ 1/7/2019 đến thời điểm thanh tra, cần phải được xử lý, kiểm điểm, kỷ luật nghiêm túc.
