Trước năm 2004, tổ chức, cá nhân có hoạt động chuyển nhượng quyền sử dụng đất thực hiện kê khai, nộp thuế chuyển quyền sử dụng đất theo quy định của Luật thuế chuyển quyền sử dụng đất. Từ 1/1/2004, tổ chức có thu nhập từ chuyển nhượng quyền sử dụng đất, quyền thuê đất (bất động sản) thực hiện kê khai, nộp thuế TNDN đối với thu nhập từ chuyển nhượng quyền sử dụng đất, quyền thuê đất nhưng phải kê khai, nộp thuế riêng (trong vòng 10 ngày, kể từ ngày phát sinh nghĩa vụ thuế), không được bù trừ với thu nhập từ sản xuất kinh doanh; đặc biệt trong giai đoạn 2004 - 2008, thu nhập từ chuyển nhượng quyền sử dụng đất, quyền thuê đất còn áp dụng theo biểu thuế lũy tiến từng phần.
Theo Bộ Tài chính, quy định này là phù hợp với thực tế khi đó, bởi lĩnh vực bất động sản đang phát triển, lợi nhuận thu được từ bất động sản thường là lợi nhuận siêu ngạch nên việc quy định thu nhập từ chuyển nhượng quyền sử dụng đất, quyền thuê đất phải kê khai, nộp thuế riêng và áp dụng biểu thuế lũy tiến từng phần nhằm động viên kịp thời số thu thuế vào NSNN và hạn chế việc đầu cơ bất động sản (mua đi bán lại).
Bộ Tài chính cũng lý giải, từ năm 2012 đến nay, thị trường bất động sản trầm lắng, thậm chí có giai đoạn rơi vào tình trạng đóng băng, do đó, đầu tư vào lĩnh vực bất động sản không còn được hưởng lợi nhuận mà thậm chí còn bị lỗ, do đó tại Luật thuế TNDN số 32/2013/QH13 (áp dụng từ 1/1/2014) đã cho phép DN được bù trừ lỗ từ hoạt động chuyển nhượng bất động sản với lãi từ hoạt động sản xuất kinh doanh nhưng chưa quy định trường hợp ngược lại (bù trừ một chiều), theo đó trường hợp DN có lãi từ hoạt động chuyển nhượng bất động sản vẫn phải kê khai, nộp thuế riêng, không được bù trừ với thu nhập từ hoạt động sản xuất kinh doanh.
Mặc dù đã có những tháo gỡ khó khăn nhất định nêu trên, nhưng với sự phát triển kinh tế hiện nay, DN có xu hướng kinh doanh đa ngành, đa lĩnh vực, bên cạnh đó hành lang pháp lý đã quy củ và chặt chẽ, đồng thời yêu cầu về cải cách thủ tục hành chính đặt ra ngày càng mạnh mẽ thì quy định DN phải kê khai, nộp thuế riêng đối với lãi từ chuyển nhượng bất động sản đã không còn phù hợp.
Kinh nghiệm quốc tế cho thấy đa số các nước trên thế giới và trong khu vực như Thái Lan, Singapore, Trung Quốc... không có quy định DN phải hạch toán riêng thu nhập từ chuyển nhượng bất động sản để kê khai, nộp thuế TNDN, ngoại trừ Malaysia.
Do đó, để phù hợp với thực tế hoạt động sản xuất kinh doanh của DN và thông lệ quốc tế thì việc sửa đổi theo hướng quy định DN được bù trừ lãi từ chuyển nhượng bất động sản, chuyển nhượng dự án đầu tư, chuyển nhượng quyền tham gia dự án đầu tư (trừ chuyển nhượng quyền thăm dò, khai thác khoáng sản) với lỗ từ hoạt động sản xuất kinh doanh là cần thiết.
Luật thuế TNDN hiện hành cũng quy định nguyên tắc: DN phải hạch toán riêng thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh được ưu đãi thuế với thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh không được ưu đãi thuế để làm căn cứ xác định số thuế ưu đãi. Trường hợp ưu đãi theo điều kiện địa bàn thì toàn bộ thu nhập của DN phát sinh tại địa bàn đó là thu nhập được hưởng ưu đãi thuế, trừ một số khoản thu nhập như: Chuyển nhượng bất động sản, chuyển nhượng dự án đầu tư, thu nhập từ hoạt động kinh doanh dịch vụ thuộc diện chịu thuế Tiêu thụ đặc biệt, thu nhập từ hoạt động thăm dò, khai thác khoáng sản...
Do vậy, để phù hợp với thực tế hoạt động sản xuất kinh doanh của DN và thông lệ quốc tế, đồng thời không mâu thuẫn với nguyên tắc của Luật thuế TNDN nêu trên, Bộ Tài chính trình Chính phủ cho sửa đổi, bổ sung quy định hiện hành theo hướng DN được bù trừ lãi từ chuyển nhượng bất động sản, chuyển nhượng dự án đầu tư, chuyển nhượng quyền tham gia dự án đầu tư (trừ chuyển nhượng quyền thăm dò, khai thác khoáng sản) với lỗ từ hoạt động sản xuất kinh doanh (trừ trường hợp thu nhập từ hoạt động sản xuất kinh doanh của DN đang được hưởng ưu đãi thuế TNDN). Theo đó, trường hợp DN có hoạt động sản xuất kinh doanh đang được hưởng ưu đãi thuế TNDN thì lãi từ chuyển nhượng bất động sản, chuyển nhượng dự án đầu tư, chuyển nhượng quyền tham gia dự án đầu tư, DN phải kê khai, nộp thuế riêng, DN chỉ được bù trừ lãi từ hoạt động này với lỗ từ hoạt động sản xuất kinh doanh không được hưởng ưu đãi thuế.
Bộ Tài chính cho rằng, việc sửa đổi này đảm bảo phù hợp với thực tế hiện nay khi DN kinh doanh đa ngành và khuyến khích DN đầu tư vào ngành nghề lĩnh vực mà nhà nước đang khuyến khích đầu tư, đặc biệt trong lĩnh vực nông nghiệp và giải quyết được các vướng mắc phát sinh trong thực tiễn, đồng thời cũng đảm bảo tính rõ ràng, minh bạch của chính sách.
