Theo chỉ đạo mới đây của Phó Thủ tướng Trịnh Đình Dũng liên quan đến Dự án Đường sắt đô thị Hà Nội, tuyến số 2, đoạn Nam Thăng Long - Trần Hưng Đạo, Bộ Kế hoạch và Đầu tư (KH&ĐT) tiếp tục giám sát Dự án; chủ trì, phối hợp với UBND TP. Hà Nội và các cơ quan liên quan chuẩn bị báo cáo Quốc hội tại kỳ họp cuối năm (kể từ năm 2020) về tình hình triển khai thực hiện Dự án. Trong đó có báo cáo vấn đề phát sinh tiêu chí thuộc dự án quan trọng quốc gia theo đúng quy định.
Dự án được phê duyệt báo cáo nghiên cứu khả thi từ năm 2008, với quy mô xây dựng dài 11,5 km (đi ngầm 9 km), gồm 10 nhà ga (7 ga ngầm và 3 ga trên cao). TP. Hà Nội đã phê duyệt (lần đầu) tổng mức đầu tư dự án 19.555 tỷ đồng. Tuy nhiên mới đây, Hà Nội đã báo cáo Thủ tướng xin phê duyệt điều chỉnh tổng mức đầu tư lên 35.678 tỷ đồng, tăng 16.123 tỷ đồng (82%) so với ban đầu.
Dự án có điểm đầu tại Khu đô thị Nam Thăng Long (CIPUTRA), theo đường Nguyễn Văn Huyên kéo dài - Hoàng Quốc Việt - Hoàng Hoa Thám - Thụy Khuê - Phan Đình Phùng - Hàng Giấy - Hàng Đường - Hàng Ngang - Hàng Đào - Đinh Tiên Hoàng - Hàng Bài và kết thúc trên Phố Huế (ngã tư giao với đường Nguyễn Du).
Thời gian qua, vấn đề gây nhiều ý kiến trái chiều giữa các cơ quan, chuyên gia đối với dự án đường sắt Nam Thăng Long - Trần Hưng Đạo về quy hoạch tổng thể mặt bằng ga ngầm C9 tại khu vực Hồ Hoàn Kiếm (dưới phố Đinh Tiên Hoàng và một phần vườn hoa Hồ Gươm) theo đề xuất của UBND TP. Hà Nội.
Nhà ga C9 được thiết kế 3 tầng, chiều dài 150 m, rộng 21,4m và sâu 17,45m. Xung quanh khu vực này có quần thể các công trình tượng đài Cảm Tử, đền Bà Kiệu, đền Bút Tháp, vườn hoa tượng đài Lý Thái Tổ.