Đặc thù hoạt động của VNR ngoài kinh doanh vận tải còn thực hiện nhiệm vụ chính trị, vì vậy, để khắc phục ảnh hưởng của dịch COVID-19, Tổng công ty đang đề nghị Ủy ban quản lý vốn nhà nước tại doanh nghiệp báo cáo Thủ tướng, có ý kiến đối với Bộ GTVT và các cơ quan có thẩm quyền xem xét các biện pháp hỗ trợ cũng như miễn, giảm thuế, phí như: Miễn, giảm khoản phí sử dụng kết cấu hạ tầng đường sắt 8% trên doanh thu vận tải; miễn trích nộp Ngân sách Nhà nước 20% tiền thu cho thuê sử dụng kết cấu hạ tầng đường sắt quốc gia do Nhà nước đầu tư; miễn, giảm, giãn thời gian thu tiền thuê sử dụng đất cho các doanh nghiệp vận tải đường sắt; giãn tiến độ trả nợ, giảm lãi suất vay của các ngân hàng cho các dự án đầu tư của các Công ty vận tải đường sắt nhằm giảm áp lực trả nợ gốc và lãi vay trong giai đoạn khó khăn này.
Liên quan đến quản lý, sử dụng, khai thác tài sản kết cấu hạ tầng đường sắt (KCHTĐS) quốc gia do Nhà nước đầu tư, Tổng công ty Đường sắt đang đề nghị Bộ GTVT bổ sung danh mục KCHTĐS giao theo hình thức đầu tư vốn nhà nước vào Đề án để Tổng công ty trực tiếp quản lý, sử dụng, khai thác, kinh doanh theo 2 hình thức gồm: Phần tài sản cầu, hầm, hệ thống đường ray, hệ thống thông tin tín hiệu,... không tính thành phần vốn nhà nước tại doanh nghiệp; Phần tài sản còn lại gồm toàn bộ 297 nhà ga, kho hàng, bãi hàng và tuyến đường sắt Đà Lạt - Trại Mát giao theo hình thức đầu tư vốn nhà nước.
Đối với cơ chế giao dự toán nguồn kinh phí sự nghiệp kinh tế dành cho công tác bảo trì tài sản KCHTĐS quốc gia do Nhà nước đầu tư, VNR tiếp tục đề nghị được giao dự toán bảo trì tài sản cho Tổng công ty.
Bên cạnh đó, theo VNR, Nghị định số 65/2018/NĐ-CP có hiệu lực từ ngày 1/7/2018, các doanh nghiệp vận tải đường sắt có lộ trình 3 năm (tới năm 2021) để thay thế các phương tiện hết niên hạn sử dụng. Do đó, VNR sẽ phải thanh lý khoảng 60 đầu máy, gần 1.000 toa xe hàng và 500 toa xe khách. Đồng thời, phải huy động khoảng 6.822 tỷ đồng để đầu tư mới, bù đắp các phương tiện phải loại bỏ mà không được hưởng các ưu đãi về lãi suất vay.
Vì vậy, VNR đề nghị Ủy ban Quản lý vốn nhà nước tại doanh nghiệp và Bộ GTVT đề xuất Chính phủ lùi thời gian thực hiện Nghị định 65/2018/NĐ-CP về niên hạn sử dụng đầu máy, toa xe, hoặc bổ sung thêm Khoản 5, Điều 19, Nghị định 65/2018/NĐ-CP về lộ trình thực hiện niên hạn của phương tiện giao thông đường sắt như sau: “Trường hợp phương tiện giao thông đường sắt hết niên hạn sử dụng theo quy định tại điều 18 của Nghị định này, nhưng chất lượng phương tiện còn đảm bảo an toàn và Doanh nghiệp đường sắt có nhu cầu muốn kéo dài thời gian hoạt động. Chính phủ giao Bộ GTVT trên cơ sở đánh giá đủ điều kiện an toàn kỹ thuật và bảo vệ môi trường của phương tiện tại thời điểm hết niên hạn thì cấp phép sử dụng”.
Việc bùng phát dịch COVID-19 (đợt 2) đã phá vỡ toàn bộ kế hoạch chạy tàu cùng các nỗ lực tăng sản lượng và doanh thu từ vận tải hành khách của Tổng công ty Đường sắt Việt Nam. Việc mất cân đối dòng tiền của các Công ty con ảnh hưởng trực tiếp đến dòng tiền của Công ty mẹ do các công ty này đang sử dụng dịch vụ của Công ty mẹ với số tiền dự kiến phải thanh toán trong năm 2020 hơn 1.600 tỷ đồng.
Hiện tại trung bình một tháng, Công ty mẹ (VNR) hụt dòng tiền xấp xỉ 100 tỷ đồng. Dự tính tổng thâm hụt dòng tiền của Tổng Công ty Đường sắt Việt Nam năm 2020 khoảng 1.000 tỷ đồng. Dự kiến cả năm 2020, VNR lỗ trên 1.200 tỷ đồng.
