Thông tư 60 nêu rõ, có 4 trường hợp được miễn lệ phí. Thứ nhất, cơ quan đại diện ngoại giao, cơ quan lãnh sự, cơ quan đại diện của tổ chức quốc tế thuộc hệ thống Liên hợp quốc.
Thứ hai, viên chức ngoại giao, viên chức lãnh sự, nhân viên hành chính kỹ thuật của cơ quan đại diện ngoại giao và cơ quan lãnh sự nước ngoài, thành viên các tổ chức quốc tế thuộc hệ thống Liên hợp quốc và thành viên của gia đình họ không phải là công dân Việt Nam.
Thứ ba, tổ chức, cá nhân nước ngoài khác (cơ quan đại diện của tổ chức quốc tế liên chính phủ ngoài hệ thống Liên hợp quốc, cơ quan đại diện của tổ chức phi chính phủ, các đoàn của tổ chức quốc tế, thành viên của cơ quan và tổ chức khác) không thuộc các đối tượng nêu trên, nhưng được miễn nộp hoặc không phải nộp lệ phí cấp chứng nhận đăng ký, biển số phương tiện giao thông theo cam kết quốc tế, điều ước quốc tế mà Việt Nam là thành viên.
Thứ tư, xe mô tô ba bánh chuyên dùng cho người khuyết tật.
Tổ chức thu lệ phí nộp 100% số tiền lệ phí thu được vào ngân sách nhà nước. Nguồn chi phí trang trải cho việc thu lệ phí cấp chứng nhận đăng ký, biển số phương tiện giao thông do ngân sách nhà nước bố trí trong dự toán của tổ chức thu theo chế độ, định mức chi ngân sách nhà nước theo quy định của pháp luật.
Theo Thông tư 60, xe ô tô chở người từ 9 chỗ trở xuống (bao gồm cả xe bán tải), với mức lệ phí cố định 20 triệu đồng/lần ở Hà Nội và TP.HCM. Trước đây, mức phí chỉ là 500.000 đồng/lần đối với khu vực I là Hà Nội và TP.HCM, tăng 40 lần so với trước đây.
Mức thu lệ phí cấp mới giấy chứng nhận đăng ký kèm theo biển số xe đối với ô tô chở người từ 9 chỗ trở xuống (bao gồm cả xe bán tải) tại khu vực II (gồm TP.Hải Phòng, Đà Nẵng, Cần Thơ; các TP trực thuộc tỉnh và các thị xã) là 1 triệu đồng/lần/xe. Tại khu vực III (các địa phương còn lại), mức phí 200.000 đồng/lần/xe cho lần đăng ký cấp mới. Cả khu vực II và III mức lệ phí đều không có thay đổi so với quy định hiện hành.
Đối với xe máy, theo Thông tư 60, lệ phí đăng ký, cấp biển phương tiện giao thông cơ giới đường bộ tính theo giá trị xe và theo khu vực. Cụ thể, xe có giá trị trên 40 triệu đồng, mức lệ phí được quy định cứng là 4 triệu đồng (khu vực I); khu vực II là 800.000 đồng/lần/xe; khu vực III có mức là 150.000 đồng/lần/xe thay cho quy định hiện hành là 50.000 đồng/lần/xe.
Với xe máy có giá trị trên 15 triệu đồng đến 40 triệu đồng, mức lệ phí quy định cứng là 2 triệu đồng/lần/xe đối với khu vực I thay cho quy định hiện hành là mức thu trong khung từ 1-2 triệu đồng; khu vực II giữ nguyên là 400.000 đồng/lần/xe; khu vực III là 150.000 đồng/lần/xe thay cho quy định hiện nay là 50.000 đồng/lần/xe.
Với xe máy trị giá từ 15 triệu đồng trở xuống, mức thu lệ phí tại khu vực I là 1 triệu đồng/lần xe thay cho quy định hiện hành là thu trong khung từ 500.000 - 1.000.000 đồng/lần/xe; khu vực II giữ nguyên là 200.000 đồng/lần/xe; khu vực III có mức là 150.000 đồng/lần/xe thay cho quy định hiện hành là 50.000 đồng/lần/xe.
Tổ chức, cá nhân có trụ sở, nơi cư trú ở khu vực nào thì nộp lệ phí cấp chứng nhận đăng ký, biển số phương tiện giao thông theo mức thu lệ phí quy định tương ứng với khu vực đó.