Trong đó, vùng Đông Nam Bộ có 8 cụm cảng, với 4 cụm thuộc địa phận TPHCM, còn lại là các cụm cảng thuộc địa phận tỉnh Bình Dương, Tây Ninh, Đồng Nai và Bà Rịa-Vũng Tàu.
Trong các cụm cảng thuộc vùng Đông Nam Bộ, 2 tuyến đường thủy trọng điểm là sông Sài Gòn và Đồng Nai thuộc địa phận TPHCM, Bình Dương, Đồng Nai, Tây Ninh được bổ sung hàng loạt cảng thủy xây dựng mới.
Cụ thể, trên sông Sài Gòn thuộc địa bàn TPHCM, ngoài 6 cảng hiện có (Transimex, Phúc Long, Trường Thọ, ICD TANAMEXCO, Kho vận miền Nam, Nhiệt điện Thủ Đức), được bổ sung cảng Củ Chi (huyện Củ Chi, công suất 1.200 tấn) và 2 cảng khác (chưa xác định vị trí, thuộc cụm cảng trung tâm và Bắc TPHCM).
Tại tỉnh Bình Dương, ngoài cảng An Sơn (thị xã Thuận An, hiện có), tới đây sẽ xây dựng các cảng mới như: An Tây, Rạch Bắp (thị xã Bến Cát), Bến Súc, Dầu Tiếng (gồm cảng Phú Cường Thịnh), Thanh An (huyện Dầu Tiếng) và một cảng khác (chưa xác định vị trí).
Tỉnh Tây Ninh sẽ xây dựng mới cảng Hưng Thuận-Trảng Bàng, Phước Đông (thị xã Trảng Bàng), cảng Dương Minh Châu (huyện Dương Minh Châu) và cảng khác (chưa xác định vị trí); đón tàu 2.000-3.000 tấn, công suất 500-1.500 tấn.
Đối với tuyến sông Đồng Nai, địa bàn TPHCM hiện có 2 cảng và được bổ sung 1 cảng (chưa xác định vị trí) thuộc cụm cảng Đông TPHCM.
Tỉnh Bình Dương, hiện có 1 cảng đang nằm trong quy hoạch và được bổ sung các cảng: Thái Hòa (thị xã Tân Uyên), Tân Vạn, Bình Thắng (huyện Dĩ An), Khánh Bình (huyện Tân Uyên), Thường Tân (huyện Bắc Tân Uyên) và 1 cảng khác (chưa xác định vị trí). Các cảng được quy hoạch với công suất 300-4.500 tấn, đón được tàu trọng tải 3.000 tấn.
Còn tại tỉnh Đồng Nai, ngoài 4 cảng hiện có, được quy hoạch thêm cảng mới: Trameco, Biên Hòa (gồm cảng Tín Nghĩa), Thủy bộ Đồng Nai (thành phố Biên Hòa); Vĩnh Tân (huyện Nhơn Trạch) và cảng khác (chưa xác định vị trí); với công suất 700-1.500 tấn, đón tàu cỡ 2.000-5.000 tấn.